Nesta ilha rochosa foi construída, no século XVIII uma das mais imponentes fortalezas do sul do Brasil: a de Santa Cruz de Anhatomirim, que, restaurada, constitui-se hoje uma das mais expressivas atrações turísticas de Florianópolis.
A fauna marinha é rica, com ouriços, estrelas-do-mar e peixes variados. Uma das grandes atrações são os muitos golfinhos que nadam em suas águas. Três pequenas praias arenosas completam o seu litoral. Seu relevo é bastante modesto: a altitude máxima é de 31 metros acima do nível do mar e a vertente norte apresenta o mais forte declive. Entre a ilha e o continente a profundidade é inferior a 5 metros, sendo intenso o processo de sedimentação.
A Ilha de Anhatomirim está contida na Área de Proteção Ambiental (APA), e a exploração de seus recursos naturais é severamente limitada pelas leis municipais.
A Fortaleza de Santa Cruz de Anhatomirim, é um monumento tombado como patrimônio histórico e artístico nacional, desde 1938. Foi restaurada na década de 1980, passando a sediar estações de aquicultura e oceanografia, exposições de artesanato e de arqueologia, ligados à Universidade Federal de Santa Catarina, e, nos últimos anos, tem sido incorporada a campanhas educativas e turísticas, visando a divulgação do aspecto histórico e cultural das construções militares do litoral sul brasileiro.